En Eritrea, ya en noviembre, 2,3 millones de personas vivían sin alimento suficiente y en Somalia aproximadamente 1,4 millones de habitantes en la región del sur afrontan una grave inseguridad de alimentos y una crisis de los medios de vida, mientras otros 300.000 en el norte están en riesgo.En Djibouti 47.500 personas están recibiendo ayuda en alimentos. Se espera que esta cifra aumente hasta las 150.000 personas.

Mientras, los índices de desnutrición en áreas críticas de Somalia y el noreste de Kenia ya han sobrepasado el 25 %, muy por encima del 15% que ya se considera una situación de emergencia. La mayoría de población en los países más afectados son pastores que dependen del ganado para vivir, pero los precios han caído considerablemente debido al deterioro del estado de los animales. Se han contabilizado pérdidas del 40-50% en el ganado vacuno y en el ovino y se espera alcanzar el 80% en las áreas más perjudicadas.La situación va a empeorar en las próximas semanas y meses, dado que la estación seca no termina hasta finales de marzo y que además los meteorólogos predicen que las próximas lluvias no serán suficientes para contener los efectos de la sequía.

Tras el derrocamiento sorpresivamente rápido de los caudillos que habían gobernado Mogadishu mediante intimidación durante unos 15 años, los Tribunales siguieron ampliando el territorio bajo su control, a menudo sin disparar un solo tiro. Poco después de la segunda reunión de Jartum, los Tribunales asumieron el control de la ciudad portuaria de Kismayo, de importancia estratégica, y de la ciudad de Burhakaba a sólo 60 kilómetros al sur de Baidoa. A finales de octubre, sus fuerzas habían rodeado a Baidoa, cortado su suministro de combustible y controlado ocho de los 18 distritos administrativos del país. Según informes, sus partidarios también estaban activos en los territorios septentrionales de ‘Puntland’ y ‘Somaliland’.El Embajador Fall informó al Consejo de Seguridad en cinco oportunidades durante el año y realizó muchas misiones en Somalia, dentro y fuera de la región, para alentar a que se mantuviese el apoyo al proceso de paz.La UA y la IGAD siguieron pidiendo al Consejo de Seguridad que otorgara una exención al embargo de armas para facilitar el despliegue de la misión extranjera de apoyo a la paz. Los Tribunales juraron combatir contra todo ejército extranjero que se les opusiera en suelo somalí, y declararon una jihad contra las fuerzas etíopes, que, según afirmaban, se encontraban ya en el país protegiendo al Gobierno Federal de Transición. El Gobierno adujo que los Tribunales estaban recibiendo apoyo militar del exterior. Numerosos informes y avistamientos durante el año confirmaron un gran apoyo militar externo a ambas partes. La comunidad internacional expresó en reiteradas ocasiones sus temores de que Somalia corriera el riesgo de convertirse en escenario de un conflicto librado por conducto de otras partes, a saber Etiopía y Eritrea, con la gran probabilidad de que toda la región se viese envuelta en él.Entretanto, la Liga de los Estados Árabes, la IGAD y otras entidades de la comunidad internacional trataron inútilmente de lograr algo positivo de una tercera ronda de conversaciones en Jartum en octubre.

Las conversaciones fueron aplazadas cuando las partes se negaron a coincidir en un mismo lugar. Tras el aplazamiento de la tercera ronda de Jartum, el Presidente del Parlamento encabezó una delegación de unos 20 miembros del Parlamento a Mogadishu en octubre para alentar a la Unión de Tribunales Islámicos a reanudar el diálogo de Jartum. Aunque logró un acuerdo de siete puntos con la Unión, el Gobierno Federal de Transición no lo admitió porque, según afirmó, no contaba con la aprobación previa del Presidente ni del Primer Ministro, y se había gestionado sin consultar con el pleno del Gobierno Federal de Transición.En medio de aquella situación militar estacionaria entre las fuertemente armadas fuerzas de las instituciones federales de transición y la Unión de Tribunales Islámicos fuera de Baidoa y en otros lugares estratégicos, el Representante Especial del Secretario General encabezó una delegación internacional de paz a Baidoa en noviembre. La misión instó al Presidente y al Presidente del Parlamento a que resolvieran sus diferencias, ayudaran a mantener la unidad del Gobierno Federal de Transición y acataran la Carta Federal de Transición como marco para la paz en Somalia. El Embajador Fall recibió seguridades en todos los sentidos, pero no cesó el inquietante reforzamiento de las fuerzas defensivas y ofensivas en Baidoa y sus alrededores.

Tras la derrota de las milicias de los caudillos en Mogadishu, se recibieron informes frecuentes de fuerzas extranjeras y equipo militar en Somalia para apoyar tanto al Gobierno Federal de Transición como a la Unión de Tribunales Islámicos. El reforzamiento militar llegó a un punto el 24 de diciembre, en que las escaramuzas pusieron en peligro la sede del Gobierno en Baidoa e hicieron que el Gobierno Federal de Transición y sus refuerzos etíopes descargaran todo su poderío. De resultas de ello, la milicia de los Tribunales se replegó a Mogadishu donde hicieron sólo una breve parada antes de entregar sus arsenales a las manos ávidas de la población en general y replegarse una vez más a la ciudad portuaria meridional de Kismayo, que cayó poco después con apenas algún que otro disparo. Lo que quedaba de la Unión de Tribunales Islámicos siguió retirándose otra vez más al extremo sur de Somalia, a un denso bosque cerca de Ras Kamboni, donde siguió resistiendo al Gobierno Federal de Transición y a las fuerzas etíopes.A principios de 2007 los combates parecían ir perdiendo intensidad, lo que llevó a muchos observadores a preguntarse si las milicias de los Tribunales se habían simplemente difuminado entre la población en general con sus planes y su capacidad para organizar la insurgencia. En enero, una misión de evaluación de la Unión Africana a Somalia recomendaba que se desplegaran en el país miembros de una fuerza de mantenimiento de la paz de la UA durante seis meses, antes de que se iniciara una operación de paz de las Naciones Unidas.